Ya muerto su padre, en 1925 el joven ceramista pone en marcha en Segovia la ‘Escuela de Cerámica Artística Daniel Zuloaga’, como homenaje al progenitor. Ese trabajo lo compatibilizó con el cargo de Director de la Escuela Elemental del Trabajo de Segovia. Durante la Segunda República Juan Zuloaga fue Delegado de Bellas Artes en la provincia, Concejal del Ayuntamiento de la ciudad y Correspondiente de la Academia de Bellas Artes de San Fernando. Con un estilo y una técnica muy depurada parecidos a los de su padre, participó con obra propia en numerosas exposiciones nacionales e internacionales, llegando a obtener en 1934 el Primer Premio en el Concurso Nacional del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes.
Algunas de sus obras se conservan en el Museo Nacional de Artes Decorativas.
A raíz de la Guerra Civil española Juan Zuloaga emigró a la Argentina, donde continuó su trabajo como ceramista. Volvería a Segovia poco antes de su muerte.